Las actividades de gestión de la red Natura 2000 implican gastos, que en principio se han de cubrir por los presupuestos nacionales basándose en el principio de subsidiariedad. Sin embargo, el artículo 8 de la Directiva Habitats prevé la posibilidad de la cofinanciación comunitaria para aquellas actividades que lo necesiten. En este sentido en un comunicado sobre financiación de la red Natura 2000 la Comisión plantea que la futura cofinanciación comunitaria debería venir de los instrumentos comunitarios de financiación existentes.

Sin embargo, para aprovechar completamente esta posibilidad, las autoridades nacionales pertinentes y aquellas implicadas en la gestión de proyectos de naturaleza, deben trabajar unidas para asegurar que en los respectivos programas se tomen las medidas necesarias para la financiación de Natura 2000. Esto significa que las autoridades regionales y nacionales al planificar y al aplicar los programas financieros, junto con los gestores de los espacios Natura 2000 y de las tierras incluidas dentro de los mismos, deben integrar la idea, cada vez más extendida, de que los objetivos de conservación de la naturaleza y la gestión de Natura 2000 pueden ser integrados dentro un concepto más amplio de desarrollo regional, rural y marino.

La Comisión Europea desea apoyar a los Estados Miembros en el uso de las opciones de cofinanciación comunitaria de Natura 2000. Por ello la DG de Medioambiente desarrolló en 2006 y 2007 un gran proyecto europeo llamado “Financiación de Natura 2000 – Orientación y Seminarios” en el que desarrolló el Manual “Financiación de la Red Natura 2000. Manual de orientación” que fue traducido a 22 idiomas y fue presentado en 36 seminarios en todos los Estados Miembros de la Unión.

En 2007 y 2008 con la intención de profundizar en esta linea de trabajo se ha realizado una aplicación informática accesible desde internet que liga el manual de financiación con la gestión de los espacios de la red Natura 2000. La finalidad de la misma es facilitar ideas y propuestas para esbozar la financiación de las medidas de gestión de los esbozar espacios de la red Natura 2000. Esta aplicación y sus resultados se están presentando en seminarios que se están realizando en todos los Estados Miembros de la Unión Europea.

WWF/Adena, con el apoyo del Ministerio de Medio Ambiente, fue el encargado de organizar los dos seminarios que se celebraron en España (Canarias y Madrid) en 2008